পরিবহন ব্যবস্থাপনা বলতে এন্টারপ্রাইজ লজিস্টিক পরিবহনের পরিবহন পদ্ধতির ব্যাপক ব্যবস্থাপনাকে বোঝায়, যার মধ্যে রয়েছে পথ পরিকল্পনা, মালবাহী পরিষেবা চুক্তি, বিতরণ ব্যবস্থা ইত্যাদি, যাতে গ্রাহকদের সর্বোত্তম লজিস্টিক সমাধান প্রদান করা যায়। বিভিন্ন ব্যবসায়িক এবং ভৌগোলিক পরিবেশ অনুসারে, উদ্যোগগুলিকে বিভিন্ন ধরণের লজিস্টিক পরিবহন পদ্ধতি বেছে নিতে হয়, যেমন সড়ক পরিবহন, রেল পরিবহন, বিমান পরিবহন, সমুদ্র পরিবহন ইত্যাদি। বিভিন্ন পরিবহন পদ্ধতির লজিস্টিক খরচ এবং দক্ষতার উপর বিভিন্ন প্রভাব পড়বে।
